ChIP+SIM看減數(shù)分裂過程中的RPA、RAD51、DMC1
之前我們整理分享過一系列關(guān)于減數(shù)分裂的文章,最近又上線一篇,將ChIP-seq、SIM超分辨兩大技術(shù)聯(lián)合使用,追蹤減數(shù)分裂中的關(guān)鍵事件DNA損傷修復(fù),具體內(nèi)容如下:
先搭建模型:減數(shù)分裂過程中,組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶PRDM9修飾組蛋白,“標(biāo)記”損傷發(fā)生的位點(diǎn),SPO11切割DNA,引發(fā)DNA雙鏈損傷(DSB)。DSB發(fā)生后RPA、DMC1、RAD51參與DSB修復(fù),作者構(gòu)建了一種雜交小鼠,可識(shí)別區(qū)分出小鼠兩條同源染色體(便于追蹤同源介導(dǎo)修復(fù)過程中的損傷染色體、模板染色體),利用ChIP-seq技術(shù)追蹤DSB修復(fù)過程中RPA、DMC1、RAD51在DNA序列上的分布情況
寬泛的看一下DSB數(shù)(SPO11指示)、RPA、DMC1、RAD51之間的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)它們正相關(guān)
ChIP-seq數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)損傷位點(diǎn)(SPO11指示)附近RPA、DMC1、RAD51有獨(dú)特的分布方式:DMC1、RPA聚集到損傷處,在損傷處密度最高,而RAD51圍著損傷處呈雙峰分布
DSB后的修復(fù)依賴同源染色體作為模板,作者搭建的系統(tǒng)可區(qū)分兩條同源染色體,即除了能看損傷鏈上RPA、DMC1、RAD51的分布外,還能看同源的模板鏈上RPA、DMC1、RAD51的分布,發(fā)現(xiàn)模板鏈上沒用DMC1、RAD51分布,有RPA分布
DMC1分布峰在損傷處,而RAD51分布峰距離損傷處較遠(yuǎn),暗示兩者并非完全共定位,作者實(shí)際用SIM超分辨進(jìn)行了驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)兩者的確只是部分共定位
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