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ChIP+SIM看減數(shù)分裂過程中的RPA、RAD51、DMC1

SIM做的很嚴謹,還互換了熒光標記又做了一遍

DMC1、RAD51看的差不多了,開始看RPA,在DSB初期RPA結合到DNA斷開處露出的單鏈DNA上,而后會被DMC1、RAD51取代(這兩個家伙介導單鏈DNA入侵同源雙鏈),進一步審視ChIP-seq數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)RPA覆蓋的區(qū)域恰好是DMC1和RAD51的總和 – 和已經報道的結果一致

RPA會被DMC1、RAD51取代,這沒問題(以往的報道、作者的結果都說明了這一點),但被取代后RPA是否還會在DNA上待著并不清楚,作者比較了雄性小鼠常染色體及性染色體中的X染色體(Y比X短一截,因此X染色體有一部分可以說缺乏可以配對的同源染色體),可見,在X染色體上DMC1、RAD51隨損傷增加密度都增加,且增速高于常染色體,但RPA增速卻低于常染色體,暗示修復模板上存在RPA,X染色體因為有一部分缺乏配對的修復模板,造成RPA密度低了下來(前面的數(shù)據(jù)也看到了修復模板鏈上存在RPA)

作者從ChIP-seq數(shù)據(jù)中還發(fā)現(xiàn)RPA、DMC1、RAD51在損傷的DNA兩條單鏈上分布并不等量

RPA會結合損傷模板,看損傷鏈DMC1、RAD51和修復模板鏈RPA的關系,發(fā)現(xiàn)DMC1峰對應RPA峰,都在損傷位點附近,而RAD51分布在離損傷位點較遠的地方,且對應的模板鏈上幾乎沒用RPA分布

最后來個模式圖:DMC1結合在靠近損傷的位置,RAD51挨著DMC1,兩者一起介導損傷鏈入侵同源模板鏈,同源模板鏈處有RPA結合穩(wěn)定同源介導修復中間體

挺好玩的一篇文章,把具備堿基分辨率的ChIP-seq技術和SIM超分辨技術一起使用,追蹤一個經典的細胞行為 - DNA損傷修復,復現(xiàn)前人結論,呈現(xiàn)一下觀察到的現(xiàn)象……

Anjali Gupta Hinch, Philipp W. Becker, Tao Li, et al. The Configuration of RPA, RAD51, andDMC1Binding in Meiosis Reveals the Nature of Critical Recombination Intermediates [J]. Molecular Cell , August 20, 2020.

此次文章交流會

主題:CNS前沿文獻追蹤 – 病毒衣殼在細菌內部的運動模式

時間:9月17日 周四 19:00 - 20:00

主講人:于博士

參考文獻:

Kate McArthur, Lachlan W. Whitehead, JohnM. Heddleston, Lucy Li, et al. BAK/BAX macropores facilitate mitochondrialherniation and mtDNA efflux during apoptosis.[J]. Science, 23 February 2018.

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