新冠病毒表面最引人注目（在電子顯微鏡下清晰可見）的刺突蛋白（Spike，S protein）結(jié)構(gòu)模式圖、掃描電子顯微鏡照片和立體圖像。這個蛋白的作用是和病毒在細胞表面的受體血管緊張素ACE2分子結(jié)合。

上圖顯示新冠病毒受體血管緊張素－2 （Angiotenson Converting  Enzyme－2， ACE2）。除了左下圖，其它都源自西湖大學論文和雜志封面（參考文獻9）。

五、新冠病毒SARS－CoV－2的“成熟程度”和引起的疾病COVID－19

1、新冠病毒“成熟程度”： 

從1901年發(fā)現(xiàn)黃熱病病毒開始，病毒學已經(jīng)有120年左右的歷史。積累百年以來病毒學、傳染病學、免疫學和病理學的知識，2020年左右才完全成型的分子病毒學專家們完全可以得到結(jié)論：一個病毒成熟的標志就是形成了準種 （Quasispecies）狀態(tài)和毒株的毒力之間出現(xiàn)了多樣性。而這和傳統(tǒng)上病毒“種”的命名、每種病毒基因型和血清型的劃分和實際情況密切相關(guān)，情況比較復雜。

根據(jù)新冠病毒引起的COVID－19的具體病變里有輕癥、重癥，還有無癥狀的情況，這一方面已經(jīng)在全社會形成了共識；而2003年的SARS只有重癥一種情況。

1985年提出概念病毒準種（viral Quasispecies）的概念，但分子病毒學大發(fā)展后這個概念才越來越受到了重視。 

2、病毒準種（Viral Quasispecies）

這個概念最早1985年提出，病毒準種是指許多大量彼此間基因組互有一定差異的病毒群體，其產(chǎn)生的原因是在選擇壓力和病毒基因組復制時的高突變率而引起的。

一個病毒粒子經(jīng)過多次復制循環(huán)后，就可能形成一個幾乎由無限個病毒粒子組成的，基因組相互間高度相似但又有所差別的準種群體。準種臨床上的表現(xiàn)就是毒株毒力不同、所致病變有所差異，有輕癥、重癥、甚至無癥狀。

李蘭娟院士團隊的論文，劍橋大學、中科院西雙版納植物園和在《Nature》等雜志上發(fā)表的病毒基因組單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）方面的論文也都間接證明了新冠病毒準種存在的事實。

分子病毒學2000年興起后多個病毒學家提議由準種概念代替病毒種的概念

3、進行過基因型（Genotypes）分類研究的幾種病毒的情況和分子人類學方法：

進行過基因型（Genotypes）分類研究的幾種病毒，包括HIV、HBV、HCV、人類皰疹病毒等等。

根據(jù)HBV囊膜蛋白的抗原性把它分為10個血清亞型，而基因組的基因型目前已知的有A－H 8種，不同基因型之間基因組核苷酸序列的差距高達8％以上。丙肝和HIV病毒不同基因型的基因組核苷酸序列之間的差異高達25－30％，亞型之間的差異也有20％或以上。

基因組特點，再加上剛剛出現(xiàn)不久，所以新冠病毒的變異程度目前還遠遠低于上述的幾種病毒。

我們再看看人類的基因組：陌生人和你的 DNA 之間的差別平均只有0．1％，人類和親緣關(guān)系最接近的黑猩猩的 DNA 的差別只有1．2％。所以，雖然可能不是每一種病毒不同基因型之間的基因組序列差距像前面那幾種病毒那樣大，但在分子人類學領(lǐng)域經(jīng)常使用的單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP） 的含義在病毒學里實際上含義非常有限。

4、病毒的變異和命名

病毒學自從1901年黃熱病發(fā)現(xiàn)以來，已經(jīng)經(jīng)過了120年的歷程，而分子病毒學大約只有30多年的歷史。

病毒的分類一開始就從所引起疾病的病理學和臨床癥狀的角度進行分類，所以病毒分類的問題比較復雜。再比如盡管艾滋病病原HIV不同基因型之間的基因組序列差異較大，但一些關(guān)鍵部位還是高度保守的。另外，全面和系統(tǒng)做過基因型分類的病毒目前還不夠多。一般來講，基因組較大、不分節(jié)段和雙鏈的的病毒有可能變異性相對較小，而高等動物分類的主要標準是生殖隔離。

HIV囊膜表面主要蛋白GP160主要功能區(qū)，注意C代表保守區(qū)、在不同基因型之間高度保守（序列非常接近），V代表變化區(qū)、不同基因型之間差異較大。

5、新冠病毒引起的病變

除了最多的肺部病變之外，在重癥新冠病毒患者群體內(nèi)，各種不同的癥狀和病變也多種多樣，包括以腦病變、腎臟病變、心臟、腸道、膽管病變等為主的病例（下圖）。由嚴密的試驗證明全身的脈管系統(tǒng)（心臟、血管和淋巴內(nèi)皮系統(tǒng)）都發(fā)生了廣泛的病變（上圖），這種情況牽扯到全身各個組織器官。

6、新冠病毒后遺癥：

這方面的資料還需要時間，因為醫(yī)學上面對后遺癥的解釋是原發(fā)病變結(jié)束6個月及以上的繼發(fā)病變。不過根據(jù)初步資料，COVID－19重癥患者痊愈后可能有肺纖維化和肺功能不全（嚴重者只剩70％）、 體能嚴重下降、肌肉功能下降、腎臟和肝臟受損甚至衰竭、中樞神經(jīng)系統(tǒng)后遺癥和記憶受損、中青年患者中風、心肌性疾病等。